Sejarah
Sejarah Program Magister (S2) Program Studi Magister Pendidikan Agama Islam (PAI)
Program Studi Magister Pendidikan Agama Islam Unwahas menerima mahasiswa untuk pertama kali pada Januari 2009. Meskipun baru memasuki tahun kedua, jumlah peminat untuk studi lanjut pada Program Studi ini sangat besar, sehingga harus menolak banyak peminat.
Sejarah Program Magister (S2) Program Studi Magister Hukum Ekonomi Syariah (HES)
Program Studi Magister Hukum Ekonomi Syariah (Muamalat) Unwahas menerima mahasiswa untuk pertama kali pada September 2009. Sejak berdiri hingga sekarang telah berusia kurang lebih 10 tahun dan telah melaksanakan 9 kali wisuda dan telah meluluskan 41 orang lulusan. Dengan animo calon mahasiswa yang seringkali tidak memenuhi target pada setiap tahun penerimaan, berakibat minimnya jumlah lulusan. Oleh karena itu, dalam rangka peningkatan kualitas program studi sebagai pertanggungjawaban akademik baik dalam hubungannya dengan mahasiswa maupun publik, maka evaluasi diri merupakan keniscayaan.
Sejarah Program Doktor (S3) Prodi Pendidikan Agama Islam (PAI)
Program Studi (Prodi) Pendidikan Agama Islam (PAI) pada Program Doktor Universitas Wahid Hasyim (Unwahas) mengalami sejarah panjang mulai tahun 2013 sampai dengan 2017. Kelahiran prodi berawal dari instruksi lisan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Kementerian Agama RI (Bp. Prof. Dr. Nur Syam, MSi) pada saat mengisi kuliah umum Program Magister Unwahas pada tanggal 18 Mei 2013. Sebagai tindak lanjutnya, Rektor menunjuk Panitia Pendirian Program Doktor (SK Rektor nomor: 301/Kep-UWH/IX/2013) bahkan menunjuk Pengelola Program Doktor (SK Rektor nomor: 302/Kep-UWH/IX/2013) untuk menyusun proposal pengajuan Program Doktor. Dari hasil kajian dan kerja Tim, pada 3 Oktober 2013 panitia mengajukan Program Doktor (S3) Studi Islam Kultural. Berdasarkan saran masukan Direktorat Pedidikan Tinggi Islam (Diktis) agar mempertimbangkan potensi internal dan pasar, maka 14 Juni 2014 dirubah dengan Program Studi Islam Kebangsaan. Tambahan masukan dari Diktis agar jurusan yang dibuka spesifik, maka pada 19 Juni 2014 diajukan Program Doktor (S3) Pendidikan Islam Kebangsaan. Pada tahun 2015 terdapat masukan saran Diktis agar menyesuaikan nomenklatur, maka pada 21 Desember 2015 diajukan Program Doktor PAI (S3) dengan konsentrasi Islam Nusantara. Guna memudahkan proses, Diktis menyarankan adanya executive summary dan penyesuaian misi Kemenag tentang Islam Nusantara sekaligus menjadi distingsi, maka pada 14 November 2016 panitia merubahnya menjadi Prodi Pendidikan Agama Islam (PAI) dengan konsentrasi Pendidikan Islam Nusantara. Sebagai dukungan seiring dengan terbitnya status Akreditasi A pada Prodi Magister Pendidikan Agama Islam (PAI) yang dikirim tanggal 17 Maret 2017, maka tanggal 22 Mei 2017 terbit SK Dirjen Pendis no. 2851 tahun 2017 tentang izin penyelenggaraan Prodi Pendidikan Agama Islam (PAI) pada Program Doktor Unwahas.